Трепан-биопсия выполняется специальной иглой квалифицированным онкологом под контролем УЗИ или КТ. Чтобы уменьшить дискомфорт, пациенту делают местную анестезию. Процедура занимает всего несколько минут, после чего пациенту дают рекомендации и отпускают домой.

Перед биопсией в день исследования рекомендуется не употреблять пищу и жидкости. Также следует воздержаться от приёма препаратов, влияющих на свёртываемость крови (антикоагулянтов, дезагрегантов — аспирин, аспекард, кардиомагнил и др.) в течение трёх дней до процедуры.

Обычно трепан-биопсия длится около 15–20 минут, в зависимости от сложности случая.